SMP Al Khairaat hadir menerapkan sistem pendidikan terpadu, Pembentukan karakter dan penanaman nilai-nilai karakter islam serta kompetensi kepemimpinan (Leadership) tidak hanya dilakukan pada mata pelajaran tertentu tetapi terintegrasi baik diseluruh mata pelajaran, maupun aktivitas keseharian sehingga karakter dan nilai-nilai tersebut dapat diintegrasikan dalam diri siswa.